Im Gegensatz zu meinem USB Stick kann ich die große Festplatte auf Windows nur mit NTFS und exFAT formatieren, nicht mit FAT32.
FAT32 geht relativ problemlos mit Zusatztools. Es gibt z.B. h2format von Heise extra für diesen Zweck, oder z.B. auch den AOMEI Partition Assistant Standard als kostenlose graphische Variante.
Aus Performance Gründen würde ich nicht NTFS verwenden. NTFS auf Linux hat immer so ein bisschen was von Zahnarzt Besuch. Kann gut gehen, kann auch Übel werden.